Parimi i tomografisë kompjuterike bazohet në teoremen e Johann Radon (1887 – 1956), i cili e përshkruan mundësinë e rindërtimit të gjeometrisë dy dimensionale të një objekti nga një sërë projeksionesh të matura rreth tij. Kjo metodë mund të zgjerohet në tomografinë e brendshme të objektit, në varësi të mënyrës se si rrezet që kalojnë përmes janë në përputhje me këndin e tyre të hyrjes. Megjithatë, për të gjitha këto llogaritje nevojitej teknikë dhe rezultatet e këtyre hulumtimeve nuk mund të zbatoheshin deri në shfaqjen e kompjuterit.
Në vitin 1946, shkencëtarët në Japoni e ndërtuan makinerinë e parë me rreze X për tomografinë rrotulluese, të cilën e quajtën rotografi. Parimi i rotografisë ishte ky: pacienti shtrihej në tavolinë, nga njëra anë vendosej tubi i rrezeve X, ndërsa filmi i rrezeve X në kasetë në anën tjetër të pacientit dhe në mënyrë paralele rrotullonin rreth tij duke bërë një gjysmërreth apo rreth të plotë gjatë ekspozimit. Por, duke pasur parasysh se në atë kohë nuk kishte kompjutera adekuat, përpunimi i fotografisë bëhej në mënyrën klasike, e cila kërkonte përpjekje të madhe, por ndikonte edhe në besueshmërinë e rezultateve.
Pas shfaqjes së kompjuterit, ndërsa më vonë edhe me zhvillimin e programeve kompjuterike të posaçme, u krijuan kushte për teknikën e “imazhit” bazuar në parimin e rotografisë për t’u bërë tomografi kompjuterike (CT).
William Henry Oldendorf (1925-1992) në vitin 1961 në bazë të hulumtimeve të tij tregon mundësinë e matjes së absorbimit të rrezatimit me rreze X në seksionin tërthor të trupit, me ndihmën e rrezeve të ngushta të rrezatimit me rreze X, por pa pajisjet e duhura kompjuterike puna e tij në llogaritjen e të dhënave ishte e vështirë.
Pas katër vitesh hulumtim, fizikanti anglez Godfrey Newbridge Hounsfield (1919-2004) dhe matematikani amerikan Alan MacLeod Cormack (1924-1998), pas sugjerimit të neuroradiologut J. Ambrosis në vitin 1971 ndërtuan aparatin e parë të tomografisë kompjuterike. Prototipi i parë i skanerit CT ishte projektuar ekskluzivisht për inçizimin e kokës dhe u montua në Spitalin Morley në vitin 1971.
Hounsfield dhe Cormack për këtë zbulim, në vitin 1979 marrin çmimin Nobel. Gjatë vitit 1973 filloi aplikimi i parë klinik i skanerit CT, ndërsa në qershor të të njëjtit vit, në klinikën Mayo instaluan skanerin e parë CT për përdorim klinik.
Në 35 vitet e fundit, tomografia kompjuterike është zhvilluar me një shpejtësi aq të madhe, sa tani dhe në vendet mesatarisht të zhvilluara është e paimagjinueshme të ketë spital pa skaner CT. Në praktikë, gjithashtu janë futur edhe skanerët CT të lëvizshëm, të cilët janë montuar në autobus për punë në terren, si dhe pajisje CT të lëvizshme për skanimin e pacientëve të rëndë në dhomat e spitalit.
Nga viti 1973 filloi edhe epoka e radiologjisë moderne, e cila çoi në zhvillimin e një sërë teknikash dixhitale. Shkencëtar Landley është i pari i cili ndërtoi tomografin kompjuterike për të gjithë trupin, prodhimi i të cilave filloi në vitin 1974 dhe skanerët e parë CT për tërë trupin, ngadalë filluan të instalohen në të gjitha spitalet e mëdha në botë.
