Оперативниот третман кај Кроновата болест генерално ги вклучува следниве оперативни зафати: ресекција, стриктуропластика, бајпас процедури, балон дилатација и стентирање. Најчеста компликација кај КБ која се јавува кај 35-50 % од пациентите е опструкција на тенкото црево. Тоа се должи на цревните структури од повторливи напади на воспаление и последователна фиброза. За делумна или комплетна опструкција рефрактерна на медикаментозно лекување потребна е хируршка интервенција. Како опции за хируршки третман се ресекција на цревото со стриктура или стриктуропластика. За долги ( > 12 см) стриктури или лезии на прескок во непосредна близина, често е потребна хируршка интервенција со ресекција со примарна анастомоза.
Хируршката ресекција треба да биде штедлива односно да се ресектираат само оние делови кои предизвикуваат симптоматски компликации како опструкција, крвавење или перфорација. Препораките даваат упатства за макроскопска инспекција, а не хистопатолошка, во проценката на екстензивноста на процесот бидејќи повеќето студии даваат резултат и кои одат во прилог на тоа дека микроскопската болест на ресекционите маргини не е асоцирана со зголемена стапка ниту на постоперативни компликации ниту на рекуренца. Во случаите кај кои не е можно да се направи макроскопска проценка на болеста, од корист може да е интраоперативната ентероскопија. Типот на анастомоза (латеро-латерална, латеро-терминална итн.), е предмет на дебата. Некои хирурзи преферират латеро-латерална анстомоза по илеоколичните ресекции сметајќи дека нејзината широчина ќе го спречи развојот на симптоматски рецидив. Една мета анализа на осум компаративни студии објавила дека латеро-латералната анастомоза е асоцирана со помалку дехисценции и постоперативни компликации, пократок хоспитален престој и помали стапки на перианастомотска рекуренца споредено со термино-терминалните анастомози. За потврда на овие асоцијации потребно е да се спроведат рандомизирани истражувања.
Лапароскопскиот пристап при изведувањето на интестиналните ресекции се повеќе се користи кај внимателно избрани пациенти (присуството на абсцеси или фистули често завршува со конверзија), поради потенцијалот на овој пристап за намален морбидитет, побрз опоравок, помали трошоци, како и објавени помали стапки на тенкоцревна опструкција и инцизионални хернии.
Стриктуроплатиката ги олеснува симптомите на опструкција, и може да се изведе со и без синхрона тенкоцревна ресекција. Стриктуропластиката е особено адекватна за пациенти кои имаат кратки, локализирани ареи на хронична стеноза и кои се под зголемен ризик од синдром на кратко црево поради претходни интестинални ресекции. При самата хируршка интервенција може да се помине со Folly-ев катетер за да се откријат дополнителни сегменти со стриктура. Стриктурираното црево се засекува надолжно до точка 1-2 см над стриктурата, а потоа се затвора попречно без резекција. За долги или лезии на прескок кои се конфлуентни се користи стриктуропластика која импонира на процедурата на Finny (гастродуоденостомија латеро-латерална) или, пак, анастомоза латеро-латерална слична на антро-дуодено анастомоза се со цел зачувување на должината на дебелото црево. Стриктуропластиката не се изведува кај акутно воспалено црево. Стриктуропластиката е асоцирана со одлични резултати, како што се ослободување од опструкции, можност за повлекување на користењето на стероиди и општо подобрување на симптомите. Ризикот од фистула или рекурентна формација на стриктура е низок и компарабилен со оној на ресекциите. Но, дали презервирањето на заболениот цревен сегмент го зголемува долгорочниот ризик од развој на малигнитет не е познато, иако објавени прикази на случаи, потврдуваат појава на аденокарциноми од места на претходна структуропластика.
Класичниот пристап на интраабдоминалните пиогени компликации какви што се интраабдоминалните абсцеси е иницијална хируршка дренажа, следена со ресекција на заболениот сегмент од цревото. Но, со воведувањето на интервенциските процедури, новите имуносупресивни лекови и лапароскопијата, хируршкиот пристап претрпува измени. Бенефитите од преоперативната дренажа вклучуваат обезбедување потребно време за подобрување на нутритивниот статус на пациентите, претворање на оперативното поле во една неинфективна ареа, намалена употреба на стероиди и намалени постоперативни комликации. Доколку перкутаната дренажа е неуспешна потребно е да се направи хируршка дренажа. Оптималниот тајминг на хируршкиот третман по перкутаната дренажа доколку истиот е клинички индициран е по клиничката резолуција на сепсата. Одлуката дали да се направи ресекција на заболеното црево во услови на постоење на абсцес зависи од оперативниот наод и состојбата на пациентот.
Во еден ретроспективен преглед на 173 пациенти со КБ кај кои била направена илеоцекална или илеоколична ресекција, употребата на стероиди и присуството на интраабдоминален абсцес биле независни предиктори за анастомотски компликации во раниот постоперативне период. Кога и обата фактора, односно употреба на стероиди и присуство на абсцес биле присутни кај еден пациент, ризикот од анастомотски компликации бил повисок од 40 проценти. За споредба, присуството само на интраабдоминален абсцес давал стапка на анастомотска компликација од само 14 %.
Гастродуоденалните форми на КБ се ретки и ретко бараат оперативен третман. Мајорни индикации за истото се опструкција, а поретко перфорација и формирање на фистула. Кај ваквите случаи техника од избор е гастројејуностомијата, пред ресекцијата. Постојат неколку алтернативи за пациентите на кои им е потребен хируршки третман за колоректалната форма на КБ: Техниките за елективна хирургија кои би овозможиле контрола на симптомите кои го инволвираат колонот и/или аноректумот, се движат од дивертирачка илеостома до ресекција на сегментите на заболен колон или дури и на целиот колоректум. Иако контроверзно, изгледа дека класичните хируршки принципи за третман на тенките црева се апликабилни и за хируршкиот третман на Крон- колитисот. Оптималната процедура зависи како од раширеноста на процесот, така и од клиничката слика на пациентот. Сегментална колектомија може да е адекватна за изолирани ареи на инволвирање на колонот. Илеоректалната анастомоза може да се изведе доколку се поштеди ректумот, но апроксимативно кај една половина од ваквите пациенти ќе биде потребна дополнителна проктектомија. Присуството на перианална болест го зголемува ризикот за релапс и реоперација. Изборот на операторот во поглед на тоталната колектомија и сегменталната колектомија со илеоректална анастомоза зависи од интраоперативната проценка за екстензивноста на болеста; тотална проктоколектомија е резевирана за пациентите кои имаат екстензивна дифузна, колоректална болест. Абдоминоперинеална ресекција со дефинитивна колостома е соодветна за пациентите со тешка форма на КБ ограничена на аноректумот, додека пак ниска Хартман-ова процедура е метода од избор во присуство на тешка аноректална болест и сепса.