Докажана е врската помеѓу промената на цревната микрофлора и појавата на гојазност, шеќерната болест и метаболичкиот синдром. Според најновите истражувања ваквата промена има голема улога во појавата и на болести на дигестивниот систем, нервозно дебело црево, воспалителни болести на цревата, но и некои малигни болести како што е ракот на дебелото црево.
Постои многу важна двонасочна комуникација, интеракција меѓу мозокот и дигестивниот систем, во која бактериите и тоа како учествуваат. Познато е дека кога бебињата се раѓаат по природен пат, наследуваат околу 40 % од цревната микрофлора, додека составот е целосно различен кога се раѓаат со царски рез. Кај тие деца поголема е веројатноста дека ќе боледуваат од алергии и егзема во текот на животот. Подоцна, составот на бактерии и нивната разновидност се менува со годините, со начинот на исхрана и со земањето лекови.
